С преобразованием в 1781 г. села Подол в город Воскресенская церковь стала его главным храмом. В конце XVIII столетия по благословению архиепископа Московского и Калужского Платона (Левшина) церковь обновили. Возможно, одновременно с этими работами был устроен второй придел во имя Святой Троицы.
Во время Отечественной войны 1812 г. настоятелем храма Воскресения Христова, священником Феофилактом Ивановым, от разграбления неприятелем была спасена церковная утварь. Воскресенский храм был вновь освящен в 1813 г., после освобождения г. Подольска от захватчиков: Троицкий придел – 8 марта, центральный престол – 30 марта, а позже – и придел святителя Николая.
В августе 1818 г. подольчане обратились к архиепископу Московскому и Коломенскому Августину (Виноградскому) с прошением о дозволении возвести в городе новый каменный храм во имя Святой Троицы с приделами Успения Пресвятой Богородицы и апостолов Петра и Павла. Старую городскую Воскресенскую церковь предполагалось оставить в качестве кладбищенской. Просьба жителей Подольска была удовлетворена.
Со временем кладбищенская церковь все более и более ветшала. В 1839 г. ее состояние характеризовалось как аварийное, а к 1847 г. положение ухудшилось до такой степени, что епархиальное начальство запретило богослужения в Никольском приделе. В 1853–1854 гг. в Воскресенской церкви проводились реставрационные работы. 16 сентября 1854 г. в Подольске состоялось освящение древнего храма Воскресения Христова. Восстановление самостоятельности этого прихода произошло лишь в 1860 г.
В 1903 г. в жизни Воскресенской церкви произошло важное событие: по проекту московского архитектора Петра Алексеевича Виноградова за счет добровольных даяний прихожан был перестроен Никольский придел. Ранее он находился внутри храма, теперь же его пристроили к зданию, соответственно с существующим Троицким приделом.
В 1910 г. настоятель Воскресенской церкви обратился в Московскую духовную консисторию и Императорскую археологическую комиссию с
прошением разрешить расписать приделы и возобновить фрески самой церкви. По данным ведомости за 1916 г., храм был расписан в 1911 г.
Воскресенский храм имеет традиционную трехчастную планировочную схему. Первоначально на одной оси были расположены основной объем с полуциркульной апсидой, трапезная и колокольня. Впоследствии трапезная часть церкви была расширена за счет устройства северного, Никольского, и южного, Свято-Троицкого, приделов. Восточные стены приделов имеют несколько выпуклые объемы, но не являются пристроенными апсидами. Центральная часть храма и северный придел сложены из местного белого камня, а южный придел и колокольня – из кирпича. Последняя до своего разрушения в ХХ в., как и храм, была белокаменной.
В основе композиции здания лежит бесстолпный двухсветный пятиглавый четверик, прямоугольный в плане, перекрытый сомкнутым четырехлотковым сводом.
Фасады имеют декоративное убранство в виде аттиков, по форме напоминающих ложные закомары. В них некогда имелись живописные изображения. Рисунок и профили карнизов трех основных объемов памятника значительно отличаются друг от друга. Углы основного объема и трапезной подчеркнуты прямоугольными в плане пилястрами, раскрепованными по карнизам.
Граненый глухой центральный барабан храма, декорированный неглубокими нишами с изображениями Херувимов, завершается золоченой главой луковичной формы. В XIX в. на месте Херувимов были написаны апостолы. Крест центральной главы – четырехконечный, прорезной, с полумесяцем и декоративными элементами. Вертикали углов основного объема храма подчеркнуты декоративными барабанами, увенчанными золочеными главами луковичной формы с ярко выраженными гранеными юбками с подзором. Кресты четырех угловых главок – восьмиконечные, глухие.
Внутри церкви установлены современные иконостасы и киоты. Золоченая резьба размещена на светло-бежевом фоне, что вместе с таким же цветом стен придает интерьеру особую легкость и изысканность. Все иконы были написаны мастерами современной палехской школы. Фрески полностью утрачены в XX столетии. В храме находится особо чтимая икона Божией Матери «Иерусалимская».
4 апреля 1922 г. в Воскресенской церкви было проведено изъятие ценностей: из храма забрали более трех пудов серебра. В 1923 и 1925 гг. была зарегистрирована община Воскресенской церкви. В конце 1928–1929 гг. в Подольске шла активная антирелигиозная кампания. Мощная агитация развернулась на страницах городской газеты «Подольский рабочий». В период с января по апрель 1929 г. появляется множество статей с призывом закрыть древнюю Воскресенскую церковь.
24 июля 1929 г. Моссовет вынес постановление о закрытии храма с его последующей передачей под музей края. До начала Великой Отечественной
войны в Воскресенском храме располагался гараж грузовых машин. Вероятно, именно в это время для удобства прохода техники был разрушен притвор с колокольней, а в западной стене пробит огромный проем.
С городским кладбищем, на котором похоронены многие подольчане, в эпоху богоборчества обошлись жестоко. Через какое-то время после его закрытия надгробные плиты стали сбрасывать с откоса в р. Пахру. Ныне на территории церкви установлен поклонный деревянный крест, у подножия которого имеется табличка с надписью: «На сем месте покоятся перезахороненные останки подольчан, погребенных некогда на Воскресенском кладбище при храме Воскресения Христова».
С начала Великой Отечественной войны и до 1956 г. в Воскресенской церкви размещались мастерская по ремонту танков и гараж. Позже – механическая мастерская по ремонту инвалидных мотоколясок. Вероятно, мастерская просуществовала до 1970‑х гг. Затем в здании храма располагались пункт по обмену газовых баллонов, гуталиновая фабрика, автогазозаправочная станция, гранитная мастерская.
В XX столетии церковь обросла рядом чужеродных пристроек, которые возводились без всякой привязки к архитектуре памятника, нанося ему серьезный вред.
17 сентября 1994 г. было принято решение о восстановление прихода и храма. Община принялась за реставрацию здания и завершила ее в 1999 г. Освящение церкви состоялось 31 октября того же года. Богослужение возглавил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.
Особое место в новейшей истории храма Воскресения Христова занимает визит Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера). Это знаменательное событие состоялось во время первосвятительского посещения Подольской земли 9 сентября 2001 г. и было приурочено к 220-летию города.